Las Comisiones Permanentes (CP) son organismos estables de la Asociación, que tienen como finalidad principal: estudiar, elaborar y desarrollar propuestas y acciones institucionales y académicas, en temáticas de carácter estratégico y transversal, en las áreas y competencias que el Consejo de Rectores defina.
Las CP articularán de manera efectiva con los programas, proyectos y actividades de AUGM, lo que deberá explicitarse en la programación del trabajo de éstas Comisiones.